La estructura de FIBAO se compone de una Sede Central, que se encuentra situada en el antiguo Hospital Universitario San Cecilio y 4 Sedes Periféricas situadas en los cuatro grandes hospitales de Andalucia Oriental:
- Hospital Universitario Virgen de las Nieves
- Hospital Universitario Clínico San Cecilio
- Hospital Universitario de Jaén
- Hospital Universitario Torrecárdenas
La Sede Central tiene como misión dar apoyo económico-administrativo al resto de sedes, además de contar con servicios especializados de apoyo a la investigación.
Las Sedes Periféricas tienen la misión de poner a disposición toda la cartera de servicios de FIBAO en su entorno.
